Der mächtige Dom in der Mitte der Altstadt wurde bereits Anfang des 17. Jh. vom berühmten Fürsterzbischof Wolf Dietrich von Raitenau in Auftrag gegeben und ist zweifellos das imposanteste Sakralbauwerk der Stadt. Er steht am Anfang der zahlreichen und bedeutenden Kirchenbauten der Barockzeit. Die benachbarte altehrwürdige Klosterkirche von St. Peter präsentiert sich nicht bloß im Inneren mit ihrer eleganten Rokokoausstattung als Barockjuwel, sondern auch nach außen mit der Vierungskuppel und dem schwungvoll bewegten Zwiebelhelm des Turmes.

Die an Dom- und St.Peter-Bezirk angrenzende Franziskanerkirche tritt nach außen zwar als rein gotisches Bauwerk in Erscheinung, birgt aber im Inneren des Chorraumes eine überaus reiche und interessante barocke Teilausstattung. Um 1700 entstanden eine ganze Reihe von bedeutenden Kirchenbauten, die mit ihren vorgelagerten Plätzen und dazugehörigen Gebäudeanlagen wie Universität, Priesterhaus, Kloster oder Spital, zu beherrschenden architektonischen Mittelpunkten einzelner Stadtteile wurden. Ganz dem italienischen Barock verpflichtet sind die Bauten der Erhard-Kirche im Nonntal und der Kajetanerkirche.

Glanzpunkte barocker Sakralarchitektur sind dann die Bauten des wohl bedeutendsten Barockarchitekten Johann Bernhard Fischer von Erlach die Dreifaltigkeitskirche, die Ursulinenkirche, die Johannes-Spitalkirche und die Universitäts- oder Kollegienkirche, die mit ihrer prächtigen Schaufassade der Stadt eine ganz besondere Note verleiht. Die Reihe der barocken Kirchenbauten ist damit noch keineswegs zu Ende, sondern es sind im Stadtzentrum noch die Michaelskirche, die Sebastianskirche, die Johanneskirche am Imberg, die Kapuzinerkirche, die Loreto-kirche zu nennen, und schließlich säumen auch den Stadtrand noch einige schöne barocke Kirchen, wie beispielsweise die Pfarrkirchen in Mülln, Gnigl und Aigen; von der Ferne grüßt auch noch die doppeltürmige Fassade der Wallfahrtskirche von Maria Plain.