Die Objekte des Domschatzes: liturgische Geräte und Gewänder des 12. - 18. Jahrhunderts. Die herausragendsten Stück sind die Hostientaube (Limoges, 1. Viertel 13. Jh.) und die Pretiosenmonstranz (Hofgoldschmied Ferdinand Sigmund Amende, 1697).
Leihgaben aus kirchlichem Besitz der Erzdiözese, darunter ist besonders das Rupertuskreuz (8. Jh.) aus Bischofshofen und ein Flügelaltärchen mit Reliquien, das sogenannte Grillinger Altärchen (1443) aus Mariapfarr hervorzuheben.
Werke der Plastik und der Malerei des 15. - 18. Jhs. aus dem Kunstkreis des alten Hoch- und Erzstiftes Salzburg. Hervorzuheben sind dabei eine Reihe von gotischen Skulpturen, eine Madonna mit Kind von Michael Pacher und barocke Ölgemälde von Johann Michael Rottmayr und Paul Troger.
Die Kunst- und Wunderkammer, die als geschlossenes Ensemble im südlichen Dombogen untergebracht ist. In den originalen Schränken, die 1663 Erzbischof Guidobald Graf Thun für diesen Raum anfertigen ließ, wurde 1974 nach den Ablieferungsinventaren von 1805 mit neu gesammelten Objekten ein Gesamtbild geschaffen, das dem Eindruck eine Raritätenkabinettes des 17. Jh. am nächsten kommt. Neben diesen Dauerbeständen des Haus veranstaltet das Dommuseum jährlich Sonderausstellungen zu kunst- und kirchengeschichtlichen Spezialthemen. 1996 wird dies die für Salzburg und weit darüber hinaus bedeutende Gestalt des hl. Rupert sein.
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